Thomas Müller absolvierte seine Studien an der Musik-Akademie der Stadt Basel beim polnischen Hornisten Joszef Brejza und anschliessend an der Musikhochschule in Essen bei Prof. Hermann Baumann. An der HKB unterrichtet er alle Horninstrumente, vom historischen Naturhorn über das moderne Ventilhorn, das Wienerhorn bis hin zur Wagnertuba. Gleichzeitig lehrt er das Naturhorn an der Schola Cantorum Basiliensis. Als Spezialist dieser Instrumentengattung wird er regelmässig von auswärtigen Hochschulen und Orchestern als Gastdozent bzw. Gastsolist eingeladen. Parallel zu seiner Lehrtätigkeit ist Thomas Müller Solohornist beim Zürcher Kammerorchester. 1979–2003 spielte er zudem auf der gleichen Position im Berner Symphonieorchester. Vom Kanton Solothurn wurde ihm ein Kulturpreis für Musik zugesprochen.

Forschungsprojekte
Historisch informierter Blechblasinstrumentenbau