Johannes Gebauer hat Musikwissenschaft am King's College Cambridge und Violine bei Simon Standage studiert. 1994–95 war er das jüngste Mitglied der Academy of Ancient Music und des Collegium Musicum 90, bevor er 1995 ein Aufbaustudium an der Schola Cantorum Basiliensis aufnahm. Dort konzentrierte er sich besonders auf Kammermusikstudien bei Christophe Coin, während er gleichzeitig bei mehreren Projekten als Konzertmeister und Solist mitwirkte.
Mehrere Jahre war Johannes Gebauer Mitglied des Bach Ensembles New York (Leitung: Joshua Rifkin). Er ist Mitglied der Cappella Coloniensis und des Concerto con Anima. Seit 1990 leitet er die von ihm gegründete Camerata Berolinensis, mit der er mehrere CDs eingespielt hat. 2003 spielte er Bachs d-moll Partita für Violine Solo im Rahmen des Festivals Alte Musik live in Berlin; das Konzert wurde vom RBB/Radio Kultur direkt übertragen und mehrfach gesendet.
Seit 2003 ist Johannes Gebauer regelmässig als Konzertmeister und Solist zu Gast beim Aradia Ensemble Toronto, zuletzt 2010 und 2011 bei Opernproduktionen von Händels Giulio Cesare in Egitto und Mozarts Don Giovanni in Sulmona/Italien.
2007 gründete er das Camesina Quartett, welches sich auf die Musik der Wiener Klassik und Frühromantik spezialisiert. Die Weltersteinspielung der drei Streichquartette von Jan Ladislav Dussek sorgte weltweit für Begeisterung. 2012 erschien eine weitere CD mit Streichquartetten von Vanhal.
Als Musikwissenschaftler war Johannes Gebauer mehrere Jahre Assistent von Christopher Hogwood und war an zahlreichen Publikationen beteiligt.
In der schweizerischen Zeitschrift für Alte Musik Intrada ist ein Artikel über die Entstehungsgeschichte von Bachs Solosonaten erschienen.
An der Hochschule der Künste Bern arbeitet Johannes Gebauer im Rahmen des Forschungsschwerpunktes Interpretation am Projekt Angewandte Interpretationsforschugn unter der Leitung von Professor Kai Köpp.

Forschungsprojekt
Historisches Embodiment
Verkörperte Traditionen
Angewandte Interpretationsforschung